Kao što je slučaj i sa svim drugim obrazovnim sistemima, postoji nekoliko mana studiranja na fakultetima u BiH.
Zastarjeli nastavni planovi i programi
Mnogi fakulteti u BiH još uvijek koriste nastavne planove i programe koji su zastarjeli i ne prate savremene trendove i potrebe tržišta rada. Vrlo često literatura za pripremanje ispita je stara više od 50 godina.
GLEDAJ STUDOMAT.TV
TVoj vodič kroz studentski život!
Nedovoljna opremljenost
Nedostatak adekvatne opreme, kao što su računari, laboratorije, biblioteke i drugi resursi, može otežati učenje i razvoj praktičnih vještina koje su neophodne u određenim oblastima. Mnogi fakulteti u BiH nemaju svoju zgradu pa nije rijetkost da dva ili više fakulteta borave pod jednim krovom, a često je riječ i o fakultetima koji nisu srodni.
Loša organizacija nastave
Problemi sa organizacijom nastave mogu dovesti do preklapanja rasporeda, a ponekad i nedovoljno iskorištenog vremena za učenje. Veliki je ovo problem na fakultetima medicinske grupacije kada su profesori istovremeno i uposlenici u zdravstvenim ustanovama.
Nedostatak praktične primjene gradiva
Nedovoljno prilika za praktičnu primjenu gradiva može dovesti do nedostatka iskustva i vještina koje su neophodne za rad u stvarnom svijetu. Fakulteti uglavnom nemaju saradnju sa srodnim firmama tako da studenti prva praktična iskustva steknu tek prilikom zasnivanja radnog odnosa.
Visoke cijene školarina
Troškovi studiranja u BiH su relativno visoki u odnosu na prosječne prihode stanovništva, što može predstavljati prepreku za neke studente koji žele da upišu fakultet. Također, programi stipendiranja nisu dovoljni da pokriju ni polovinu studentskih troškova, a i pravo na stipendije većinom imaju samo socijalno ugrožene kategorije studenata.
Politizacija fakulteta
Nažalost, neki fakulteti u BiH su podložni političkim uticajima, što može dovesti do nepotizma i pristrasnosti u zapošljavanju i odlukama o upisu.